Las actividades de pesquisa desarrolladas en UNISC presentan, como características, actividades interdisciplinares que objetivan la calificación de la enseñanza,  la consolidación de los grupos de pesquisa, la promoción de la iniciación científica, el fortalecimiento de la relación con la extensión, la divulgación de las actividades de pesquisa, la valorización y la protección del conocimiento, el estímulo a la cultura del emprendedorismo, la innovación tecnológica y la transferencia de tecnología.

El desenvolvimiento de la pesquisa en UNISC es orientado por un conjunto de líneas de investigación, que objetivan agregar los expertos hacia los temas comunes de investigación, estimulando acciones científicas interdisciplinarias y multidimensionales. El fomento institucional a la pesquisa es realizado, principalmente, a través de la destinación de recursos financieros, de la infraestructura y de becas de iniciación científica.

Entre los principales ambientes de innovación científica y tecnológica actualmente existentes en UNISC, pueden ser destacados los Grupos de Pesquisa, registrados junto al Consejo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico (CNPq), que reúnen expertos y alumnos, organizados so el liderazgo científico de expertos reconocidos, para el desenvolvimiento de líneas de investigación.

La Institución dispone aún de Centros y Núcleos de Pesquisa y de Extensión, en las diversas áreas científicas, que producen, difunden y aplican el conocimiento, especialmente en sintonía con  las demandas sociales, culturales y tecnológicas de las comunidades regionales.